Le job de l'avocat Michael Clayton, est d'arranger discrètement, et par tous les moyens, les affaires embarrassantes de ses clients. Le cabinet qui l'emploie s'occupe notamment de défendre les intérêts d'une multinationale agrochimique ; l'affaire est gérée par Arthur Edens, éminent avocat qui, pris de remords, se met à aider la partie adverse. Mais Arthur craque et on fait appel à Michael Clayton pour sauver l'affaire.